Lompat ke konten Lompat ke sidebar Lompat ke footer

Alat Baru untuk Memerangi Kanker, Penelitian Genomik Tingkat Lanjut

Ilmuwan Fakultas Kedokteran Universitas Virginia telah mengembangkan sumber daya baru yang penting yang akan membantu pertempuran melawan kanker dan memajukan penelitian genomik mutakhir.

Chongzhi Zang, PhD dari UVA, dan rekan serta mahasiswanya telah mengembangkan metode komputasi baru untuk memetakan pola lipatan kromosom kita dalam tiga dimensi dari data eksperimen. Ini penting karena konfigurasi materi genetik di dalam kromosom kita sebenarnya memengaruhi cara kerja gen kita. Pada kanker, konfigurasi itu bisa salah, jadi para ilmuwan ingin memahami arsitektur genom dari sel sehat dan sel kanker. Ini akan membantu mereka mengembangkan cara yang lebih baik untuk mengobati dan mencegah kanker, selain memajukan banyak bidang penelitian medis lainnya

IMAGES
Gambar: image-cdn.medkomtek.com

Dengan menggunakan pendekatan baru mereka, Zang dan kolega serta mahasiswanya telah menemukan harta karun berupa data yang berguna, dan mereka membuat teknik dan temuan mereka tersedia untuk sesama ilmuwan. Untuk memajukan penelitian kanker, mereka bahkan telah membangun situs web interaktif yang menyatukan temuan mereka dengan sejumlah besar data dari sumber lain. Mereka mengatakan situs web baru mereka, bartcancer.org , dapat memberikan "wawasan unik" bagi para peneliti kanker.

"Pola pelipatan genom sangat dinamis; sering berubah dan berbeda dari sel ke sel. Metode baru kami bertujuan untuk menghubungkan pola dinamis ini dengan pengendalian aktivitas gen," kata Zang, ahli biologi komputasi di Pusat Kesehatan Masyarakat UVA. Pusat Kanker Genomik dan UVA. "Pemahaman yang lebih baik tentang hubungan ini dapat membantu mengungkap penyebab genetik kanker dan penyakit lain dan dapat memandu pengembangan obat di masa depan untuk pengobatan presisi."

Bertaruh pada BART

Pendekatan baru Zang untuk memetakan lipatan genom kita disebut BART3D. Pada dasarnya, ini membandingkan data konfigurasi tiga dimensi yang tersedia tentang satu wilayah kromosom dengan banyak tetangganya. Kemudian dapat mengekstrapolasi dari perbandingan ini untuk mengisi kekosongan dalam cetak biru materi genetik menggunakan "Analisis Binding untuk Regulasi Transkripsi," atau BART, algoritma baru yang mereka kembangkan baru-baru ini. Hasilnya adalah peta yang menawarkan wawasan yang belum pernah terjadi sebelumnya tentang bagaimana gen kita berinteraksi dengan "regulator transkripsi" yang mengontrol aktivitas mereka. Mengidentifikasi regulator ini membantu para ilmuwan memahami apa yang menghidupkan dan mematikan gen tertentu - informasi yang dapat mereka gunakan dalam perang melawan kanker dan penyakit lainnya.

Para peneliti telah membangun server web, BARTweb, untuk menawarkan alat BART kepada rekan-rekan ilmuwan mereka. Ini tersedia, gratis, di http://bartweb.org . Kode sumber tersedia di https://github.com/zanglab/bart2 . Uji coba menunjukkan bahwa server mengungguli beberapa alat yang ada untuk mengidentifikasi regulator transkripsi yang mengontrol set gen tertentu, lapor para peneliti.

Tim UVA juga membangun database BART Cancer untuk memajukan penelitian terhadap 15 jenis kanker, termasuk kanker payudara, paru-paru, kolorektal, dan prostat. Ilmuwan dapat mencari database interaktif untuk melihat regulator mana yang lebih aktif dan mana yang kurang aktif di setiap kanker.

"Sementara seorang peneliti kanker dapat menelusuri database kami untuk menyaring target obat potensial, setiap ilmuwan biomedis dapat menggunakan server web kami untuk menganalisis data genetik mereka sendiri," kata Zang. "Kami berharap alat dan sumber daya yang kami kembangkan dapat bermanfaat bagi seluruh komunitas penelitian biomedis dengan mempercepat penemuan ilmiah dan pengembangan terapeutik di masa depan."

Pekerjaan itu didukung oleh National Institutes of Health, hibah R35GM133712 dan K22CA204439; Hibah Penelitian Perkumpulan Mahasiswa Phi Beta Psi; dan Penghargaan Benih dari Yayasan Jayne Koskinas Ted Giovanis untuk Kesehatan dan Kebijakan.

Powered By NagaNews.Net